Ngoài đường tiêu hóa trên, ruột non và ruột già cũng là hai cơ quan có nhiều sự thay đổi sinh lý trong thai kỳ.
Nguyên nhân là do Progesterone huyết thanh cao đưa đến giảm toàn bộ trương lực của cơ trơn nên nhu động ruột giảm, thời gian vận chuyển thức ăn kéo dài, ruột già tăng hiện tượng hấp thụ nước và có hiện tượng dãn cơ. Hơn nữa, do tử cung phát triển nên các cơ quan trong ổ bụng thay đổi vị trí: Ruột non bị đẩy lên trên, các quai ruột già bị dồn lại, manh tràng và ruột thừa bị đẩy lên trên. Một số các rối loạn chức năng và các bệnh lý về ruột non, ruột già thường gặp trong thai kỳ: